Спасо-Преображенский Соловецкий монастырь основан в 1429 году. Первыми поселенцами острова и основателями одной из знаменитейших русских обителей были соловецкие чудотворцы преподобные Савватий, Герман и Зосима. Соловецкий монастырь стал центром христианизации на Русском Севере, хранил много рукописных и старопечатных книг. Здесь был составлен Соловецкий летописец. В монастыре были развиты рыбный, морской, соляной, железный и другие промыслы. Соловецкий монастырь сыграл большую роль в хозяйственном освоении Севера. Будучи опорным пунктом русских владений на Беломорском побережье против набегов шведов, датчан и финнов, пользовался покровительством московских царей. В 1651 году царь Алексей Михайлович, по грамоте Новгородского митрополита Никона, учредил в монастыре архимандрию вместо прежних игуменов, даровав соловецким архимандритам особенные преимущества в церковном служении, подтвержденные в 1702 году во время своего посещения обители Петром Великим. Вся история Соловецкого монастыря связана с историей русского государства. Два исторических факта заслуживают быть отмеченными особо. Во времена исправления богослужебных книг патриархом Никоном иноки Соловецкой обители, видя в реформе извращение древнего чистого православия, решительно отказались принять новоисправленные книги, твердо решив защищать истину, хотя и понимали ее узко и односторонне, и оказали правительственной власти, поддержавшей дело Никона, упорное сопротивление. Царь Алексей Михайлович, испытав все мирные средства воздействия на непокорных соловецких иноков, решил усмирить их силой и послал против бунтующих отряды стрельцов. Началось знаменитое «Соловецкое сидение». Осада монастыря продолжалась семь лет, с 1669 по 1676 год.
В 1854 году, во времена тяжелой Крымской войны, монастырь подвергся бомбардировке со стороны английского флота, причинившей значительные повреждения монастырским зданиям и храмам. (По милости Божией, убитых и раненых не было). Монастырь мужественно защищался и на требования сдаться ответил решительным отказом. Можно только догадываться, сколь же велики были духовные достижения соловецких иноков, если даже внешнее их воплощение поражает ум. Здесь, на Севере, монахи выращивали яблоки, розы и шиповник. Петра I они угощали парниковыми арбузами. Была построена сложная система каналов, которая соединяла массу озер, возведена уникальная дамба на острове и многое другое.
В 1558 - 1566 годы по благословению игумена Филиппа (Колычева) был построен пятиглавый Преображенский собор. Святынями монастыря были: древняя икона «Одигитрия», принесенная в дар монастырю митрополитом Филиппом; древняя икона Знамения Божией Матери; серебряная рака с тремя частями мощей митрополита Филиппа; мощи прпп. Зосимы и Савватия; каменный крест прп. Савватия и икона прпп. Зосимы и Савватия, писанная учеником прп. Зосимы игуменом Досифеем; икона Успения Божией Матери, устроенная по образцу такой же в Киево-Печерской Лавре, дар царевны Марии Алексеевны; мощи св. Германа в храме его имени и многие другие святыни.
Интересен архитектурный ансамбль Соловецкого монастыря. Его территория окружена стенами высотой 8 - 11 м, толщиной 4 - 6 м, с семью воротами и восемью башнями (1584 - 1594, мастер Трифон), сложенными, в основном, из огромных необработанных камней-валунов (до 5 м длиной). В монастыре поставлены по одной оси основные здания (главные из них соединены крытыми арочными переходами). Это окруженные хозяйственными и жилыми постройками трапезная с Успенским собором (1552-1557); Преображенский собор (1556-1564), трехъярусный, с четырьмя башнеобразными приделами по углам, служившими дозорными вышками; церковь Благовещения (1596-1601); каменные палаты (1615); водяная мельница (начало 17 в.); колокольня (1777) и церковь свт. Николая (1834).
Соловки были известны до революции и как место ссылки. Из титулованных лиц здесь закончил свою жизнь соратник Петра I, дипломат, управляющий Тайной канцелярией Петр Андреевич Толстой. Девять лет ссылки здесь провел член Верховного тайного совета Василий Лукич Долгорукий. В 1903 году соловецкая тюрьма была упразднена.
И все же спустя 20 лет, уже в советские годы, история соловецкой тюрьмы приобрела новое, еще более трагическое продолжение. В 1920 году на территории монастыря располагается лагерь принудительных работ, который вместе с конвоем насчитывал 350 человек. В 1923 году организуется новое карательное учреждение значительно большего масштаба - Соловецкие лагеря особого назначения (СЛОН). На протяжении почти двух десятилетий, до 1939 года, сотни тысяч заключенных плотно заполняли помещения кремля и отдаленных скитов. Осужденные жили в старых землянках, душных бараках, едва отапливаемых монастырских помещениях. На Соловки в первую очередь ссылали иерархов Русской Православной Церкви, монахов, священников, участников Белого движения. Большевистская власть отправляла сюда своих политических противников, неугодных представителей творческой интеллигенции. В лагере томились многие иерархи РПЦ, среди которых были священномученики Евгений, митрополит Горьковский; Илларион, архиепископ Верейский; Петр, архиепископ Воронежский. Большинство из них были расстреляны. Здесь же отбывали ссылку выдающийся богослов и философ, химик и инженер отец П.А. Флоренский; историки В.П. Никольский, Н.П. Анциферов, В.В. Бахтин; поэты и писатели Б.Н. Ширяев, Л.М. Могилянский; профессор Московской консерватории Н.Я.Выгодский; крупнейший исследователь древнерусской литературы Д.С. Лихачев и др.
В период Великой Отечественной войны в стенах монастыря располагалась школа юнг Северного флота. В 1961 году государственными учреждениями была начата реставрация «храмов, хозяйственных и других строений Соловецкого монастыря». В 1974 году организуется Соловецкий государственный историко-архитектурный и природный музей-заповедник. С первых лет «перестройки», особенно после празднования 1000-летия Крещения Руси, началось общественное движение за передачу Соловков Русской Православной Церкви. Уже в 1989 году об этой проблеме заговорило и церковное Священноначалие. Архиерейский Собор, посвященный 400-летию введения партиаршества на Руси, обратился к руководству страны с просьбой передать Соловецкий архипелаг Церкви. Широкая общественность, среди них были С. Ямщиков, Д. Лихачев, А. Солженицын, также требовала отдать Соловки. Возрождение Соловков началось в декабре 1988 года, когда на островах был создан церковный приход. 4 июля 1989 года была освящена находящаяся за монастырской оградой часовня святителя Филиппа - первый возрожденный храм Соловков. 25 октября 1990 года Синод постановил открыть на Соловках Спасо-Преображенский ставропигиальный мужской монастырь. Осенью того же года на Соловках появились и первые послушники. В 1992 г., спустя два года после своего избрания на первосвятительский престол, патриарх Московский и всея Руси Алексий II решил посетить Соловки. Монастырская жизнь на островах только зарождалась, хотя и венчала долгую борьбу за передачу монастыря Церкви. К своему паломническому визиту Его Святейшество приготовил достойный подарок. Церкви были возвращены святыни - мощи основателей Соловецкой обители Савватия, Германа и Зосимы, сопровождая которые, Патриарх и прибыл на остров.
Продолжая соловецкие традиции, братия монастыря воздвигла Поклонные кресты, и первый из них был поставлен у Секирной горы 21 августа 1992 года в память погибших узников Соловецкого лагеря.