Преподобный Нил родился в семье крестьянина в небольшом селении Новгородской области. В 1505 году он был пострижен в обители прп. Саввы Крыпецкого близ Пскова. После десяти лет подвижнической жизни в киновии удалился на реку Серемлю, в сторону города Осташкова, где тринадцать лет вел строгую аскетическую жизнь. Питался он здесь травами и желудями с дуба, проводя время в посте и молитве. Этого не мог выносить диавол и потому вооружился на святого с великою злобою, дабы отогнать его от того места. Диавол устрашал Нила различными привидениями, являясь перед ним в виде зверей и всяких гадов, которые устремлялись на преподобного с диким свистом и воплем. Но святой молитвами, как мечом, отгонял все эти искушения и злые козни врага, ограждая тело свое знамением крестным и молясь непрестанно Богу. Многие жители окрестных сел стали приходить к преподобному за наставлениями, но он стал этим тяготиться и молил Бога указать ему место для подвига безмолвия. Однажды, после долговременной молитвы, Нил уснул и услышал голос, повелевавший ему: «Нил! Иди на озеро Селигер. Там на острове Столобное ты можешь спастись!»
Получив это повеление, преподобный исполнился великой радости, потому что видел, что Господь не презрел его молений. Нил начал расспрашивать об острове христолюбивых людей, приходивших к нему. Те поведали ему, что остров тот находится на озере Селигере, в 7 верстах от города Осташкова Тверской губернии. Преподобный отправился туда, достиг острова и был радостно поражен его красотой. Обойдя весь тот остров, Нил увидел, что он очень удобен для уединения и посему возрадовался духом и возвеселился. На острове том была гора и большой лес. Взойдя на гору, Нил молитвой благодарил Бога за указание ему этого места и сказал:
- Се, Господи, покой мой, се жилище мое во веки веков.
Здесь в горе подвижник выкопал себе пещеру, в которой прожил первую зиму, после же устроил там келию и часовню. Нил проводил на острове жизнь в великих подвигах и молитвах, в посте и трудах, пищею ему служили злаки и ягоды, росшие на острове, а также овощи и плоды от земли, которую он возделывал своими руками. Подвиги строгого постничества и безмолвия сопровождал еще и другим особенным подвигом – никогда не ложился спать, а позволял себе лишь легкую дремоту, опираясь на крюки, вделанные в стену кельи.
Богоугодная жизнь преподобного много раз возбуждала зависть врага, которая проявлялась через злобу местных жителей. Однажды кто-то поджег лес на острове, где стояла хижина, но пламя, дойдя до горы, чудесным образом угасло. В другой раз, когда преподобный находился на работе вне келии, разбойники напали на святого и с угрозою требовали от него, чтобы он отдал им свое сокровище, святой же сказал им:
- Чада! Все мое сокровище — в углу келии.
В углу же том была икона Богородицы с Предвечным Младенцем. Разбойники вошли в келию и внезапно ослепли, тогда они со слезами стали умолять святого о прощении. Преподобный помолился Богу, и разбойники прозрели. После чего святой обратился к ним с наставлением о душевном спасении и запретил им рассказывать о случившемся. Разбойники тогда умолчали, но после кончины святого Нила подробно рассказали обо всем.
За свои подвиги и терпение напастей преподобный Нил приял дар прозревать тайные дела людей и согрешающих направлять на путь истины.
Один человек пришел к святому, оскверненный плотским грехом. Святой обличил его в том грехе и, наказав не творить сего, отпустил с миром. С того времени человек тот пришел в страх Божий и, пожив богоугодно, скончался.
В другое время один человек хотел было на острове нарубить леса для постройки дома, но вдруг загремел страшный гром и послышался голос, воспрещавший рубить лес. Однако тот не убоялся этого и стал нагружать деревьями воз, но лошадь не могла сдвинуть его с места. Увидев это чудо, человек тот со страхом ушел, обещаясь никогда более не делать того.
Преподобный подвизался на острове Столобном двадцать семь лет и прежде кончины своей ископал в часовне своими руками могилу и поставил там гроб. Приходя туда всякий день, он плакал над тем гробом о грехах своих.
Когда, наконец, святой почувствовал приближение кончины своей, то молил Господа удостоить его причастия Святых Тайн. По молитве святого, желание его исполнилось. На остров прибыл игумен Никольского монастыря Сергий и причастил Нила Святых Тайн. По уходу игумена прп. Нил в последний раз совершил молитву, окадил святые иконы и келью и предал Господу душу 7/20 декабря 1554 года.
Со временем на месте подвигов прп. Нила возникла обитель, названная его именем, а на месте погребения святого стали совершаться чудесные исцеления больных. В 1928 году Нилову пустынь закрыли, там была организована детская колония. В 1991 году обитель возвращена Церкви, а в 1995 году в монастырь вернулись мощи прп. Нила Столобенского.
